實(shí)行校院二級(jí)管理體制，現(xiàn)設(shè)有商船學(xué)院、交通運(yùn)輸學(xué)院、經(jīng)濟(jì)管理學(xué)院、物流工程學(xué)院(設(shè)中荷機(jī)電工程學(xué)院)、法學(xué)院、信息工程學(xué)院、外國(guó)語學(xué)院、海洋科學(xué)與工程學(xué)院、文理學(xué)院(設(shè)徐悲鴻藝術(shù)學(xué)院)、科學(xué)研究院、上海高級(jí)國(guó)際航運(yùn)學(xué)院等二級(jí)辦學(xué)部門。

學(xué)校致力于培養(yǎng)國(guó)家航運(yùn)業(yè)所需要的各級(jí)各類專門人才，已向全國(guó)港航企事業(yè)單位及政府部門輸送了大量畢業(yè)生，被譽(yù)為“高級(jí)航運(yùn)物流人才的搖籃”。